ARQUA è un riferimento essenziale per scoprire il patrimonio subacqueo spagnolo in due grandi aree. La prima, "Patrimonio Culturale Subacqueo", che si concentra sulla spiegazione della metodologia utilizzata negli scavi subacquei. I due edifici costituiscono un'imponente struttura moderna, collegata sotto il livello del suolo e progettata per creare un effetto subacqueo. All'interno, questo spazio straordinario contiene mostre che spiegano l'affascinante processo dell'archeologia subacquea stessa e una collezione eclettica di manufatti relativi alle navi storiche utilizzate nell'antico commercio marittimo del Mediterraneo. Una caratteristica interessante è la replica di una delle navi fenicie (VII secolo d.C.), ritrovata a Mazarrón. L'altra area, nota come "Mare Hibericum", invita i visitatori a scoprire la penisola iberica attraverso la dinamica storia commerciale del Mediterraneo, dall'antichità al XIX secolo. Vi sono anche zanne di elefante di epoca fenicia, scoperte nel sito di Bajo de la Campana. Si tratta del primo museo di archeologia subacquea in Spagna. Tra le cose più interessanti vi sono le ricostruzioni di sezioni trasversali di navi che mostrano come venivano costruite le imbarcazioni e come venivano stivati i carichi. Ci sono alcuni diorami in miniatura molto dettagliati che mostrano scene di attività portuale e modellini di navi di varie epoche.
L'ultima mostra riguarda la fregata spagnola Nuestra Senora de las Mercedes, affondata al largo del Portogallo nel 1804. Il naufragio ha dato origine a un'importante causa legale tra il governo spagnolo e la società di caccia al tesoro Odyssy Marine Exploration, che ha portato alla restituzione alla Spagna di circa 500 milioni di dollari di manufatti saccheggiati, tra cui una grande quantità di monete tradizionali spagnole che sono esposte al museo.
