Ang Museo ay itinayo sa pagitan ng 1933 at 1939 upang maglagay ng dalawang naglalakihang barko na pag-aari ng emperador na si Caligula (37-41 AD) na nakuhang muli mula sa tubig ng lawa sa pagitan ng 1929 at 1931. Samakatuwid ito ang unang museo sa Italya na itinayo sa paggana. ng nilalaman, dalawang hull na may sukat na m. 71.30 x 20 at m. 73 x 24, sa kasamaang-palad ay nawasak noong sunog noong 1944. Muling binuksan noong 1953, muling isinara ang Museo noong 1962 at sa wakas ay muling binuksan noong 1988.Sa bagong layout, ang kaliwang pakpak ay nakatuon sa mga barko, kung saan ang ilang mga materyales ay naka-display, tulad ng muling pagtatayo ng bubong na may mga tansong tile, dalawang angkla, ang pantakip ng bow wheel, ang ilang orihinal o muling itinayong on-board. kagamitan (a , isang piston pump, isang bloke, isang ball bearing platform). Makikita rin ang dalawang modelo ng mga barko sa sukat na 1:5 at ang buong sukat na muling pagtatayo ng aposticcio stern ng unang barko, kung saan nakaposisyon ang mga tansong kopya ng mga kahon na may mga ligaw na protom.Ang kanang pakpak sa halip ay nakatuon sa populasyon ng teritoryo ng Albania sa panahon ng Republikano at Imperial, na may partikular na pagsasaalang-alang sa mga lugar ng pagsamba; Ipinakita ang mga votive material mula sa Velletri (S. Clemente), mula sa Campoverde (Latina) mula sa Genzano (stipe ni Pantanacci) at mula sa Sanctuary of Diana sa Nemi, bilang karagdagan sa mga materyales mula sa Ruspoli Collection. Sa loob ng pakpak na ito posible ring humanga sa isang seksyon ng museo ng Romanong paving ng clivus Virbii, na humantong mula Ariccia hanggang sa Sanctuary ng Diana.