O nome do Museu Allard Pierson deriva do primeiro professor de Arqueologia Clássica da Universidade de Amsterdã, Allard Pierson (1831-1896). Este ex-Clérigo foi convidado em 1877 para ocupar a cadeira de Estética, história da arte e Línguas Modernas na Universidade recém-fundada. Sua paixão pela antiguidade, alimentada por suas viagens à área do Mediterrâneo, levou à sua montagem de uma coleção de moldes de gesso de 1877 a 1895.
O segundo professor de Arqueologia da Universidade de Amsterdã, seis de Janeiro, tinha uma grande coleção pessoal de livros e objetos antigos. Com sua morte em 1926, a universidade tinha interesse em adquirir sua coleção. Em 1932, o filho de Pierson, Jan Lodewijk, estabeleceu a Fundação Allard Pierson para disponibilizar a coleção de antiguidades para pesquisa e ensino. A coleção foi trazida para um prédio no Weesperzijde em Amsterdã, com o último andar servindo como um museu.
A coleção cresceu devido a compras, presentes e empréstimos de artefatos e documentos. Em 12 de novembro de 1934, o Museu Allard Pierson foi inaugurado oficialmente em um prédio em Sarphatistraat 129-131 (canto do Roeterstraat). O Museu acabou superando seu prédio. Um novo edifício tornou-se disponível quando o Nederlandse Bank desocupou seu escritório no Oude Turfmarkt em 1976. A Princesa Beatrix participou da reabertura do museu em 6 de outubro de 1976.
O museu tem coleções relacionadas às antigas civilizações do Egito, Oriente Próximo, mundo grego, Etrúria e Império Romano. As coleções incluem objetos de arte e utensílios que datam de 4000 aC a 500 dC. Existem também modelos em escala de templos e edifícios antigos. Na exposição do antigo Egito há uma sala dedicada à morte, com múmias, sarcófagos e um filme mostrando o processo de mumificação. O sótão em gesso, a ser visitado apenas com uma visita guiada, mostra cópias de estátuas romanas e gregas. A coleção de cerâmica grega do museu apresenta exemplos de cerâmica de figura preta e vermelha produzida nos séculos V e VI aC. Uma coleção de sarcófagos romanos também está em exibição, incluindo um raro caixão de madeira de cerca de 150 DC que é esculpido em parte na forma do homem dentro dele.
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