El Museu Arqueològic de Míkonos es va erigir l'any 1902. El Museu es va crear principalment per conservar els vestigis recuperats de la Fossa de Purificació que es remunta al 426-425 a.C. Aquesta fossa va ser descoberta l'any 1898 pel reconegut erudit D. Stavropoulos del pintoresc illot de Rheneia. L'elegant característica arquitectònica del museu va ser dissenyada pel reconegut arquitecte Alexandros Lykakis. La idea de la construcció de l'edifici que acull el museu va néixer pel Ministeri d'Educació en col·laboració amb la Societat Arqueològica d'Atenes.També destaquen per la seva presència la col·lecció de gerros de l'època hel·lenística. Un dels principals atractius del museu és el pithos, força artístic, que representa amb habilitat les escenes de la captura de Troia. Aquest notable pithos va ser descobert l'any 1961 mentre els excavadors excavaven un pou a Mykonos.Els pithos retraten artísticament la caiguda de l'exèrcit troià del cavall de fusta per excel·lència. El cos del pithos està tancat amb panells que representen soldats fent una ofensiva contra dones i nens innocents. Els estudiosos creuen que el pithos es remunta al segle VII aC. També hi ha l'àmfora arcaica massiva que destaca amb un adornament dissenyat complex. De particular importància té una estàtua amb una esfinx al coll i un cap de cavall al cos.L'estela de la tomba de Glykon també destaca per la seva presència que es va descobrir casualment al mar. La víctima es veu asseguda a les roques, amb un estat d'ànim commovedor i pensatiu, mirant en blanc en direcció a la proa del vaixell. Al pedestal hi ha una inscripció amb aquestes paraules Glykon, fill de Protogenis, virtuós, que et vagi bé. Aquesta estela sepulcral és una de les col·leccions inestimables del museu.A part de l'estela Grave de Glykon, també hi ha l'estela Grave de Tertia Horaria. La dona difunta es veu asseguda i estenent la mà de separació al seu marit, que es troba just davant. També hi ha la imatge d'un nen esclau amb el contenidor de joies de la seva dama difunta. Aquesta estela sepulcral es va col·locar al damunt d'un sarcòfag de marbre amb la inscripció Tertia Horaria escrita al famós cementiri hel·lenístic situat a Rheneia. Es creu que pertany al segle II aC.També hi ha l'estàtua d'Hèracles de Rheneia. Aquesta estàtua inestimable es va trobar l'any 1899 dins del cel segur d'Hèracles. L'home valent està representat nu i sosté una porra i una pell de lleó a la mà esquerra. Aquesta exquisida estàtua està feta amb la millor varietat de marbre de Parian i es creu que pertany al segle II. La paella de les Cíclades per excel·lència, amb el seu complex adorn que inclou genitals femenins a la part inferior, va ser descoberta d'una tomba de Mykonos i es creu que pertany a l'època de les Cíclades primerenques.Un dels artefactes més coneguts del museu és l'Hydria arcaica, que està adornada amb un disseny floral complex i imatges de cavalls. És només un dels molts gerros que es van desenterrar de la fossa de purificació. La meravellosa hídria de figures vermelles també val la pena mirar-la i destaca per l'alçada d'una Nike voladora. Es veu un cérvol corrint cap a la banda esquerra.Se sap que la civilització grega antiga utilitzava l'argila per donar forma a figures artístiques. El Museu Arqueològic de Míkonos té exposada una magnífica figureta d'argila d'una bella dona que es representa amb el quitó i himation tradicionals. Aquesta rara figureta d'argila va ser descoberta a Rheneia i data del segle II. També destaca per la seva presència l'estàtua d'un mort que vesteix el vestit tradicional. Igual que la figureta d'argila de la bella dona, aquesta estàtua del mort també va ser descoberta de la localitat de Rheneia hel·lenística.