El Museu Arqueològic Nacional de Nàpols es troba entre les més antigues i més importants en el món per la riquesa i singularitat del seu patrimoni i per la seva contribució a l'espai Europeu d'escena cultural. L'origen i la formació de les col·leccions estan vinculats a la figura de Carles III de Borbó, en el tron del Regne de Nàpols des de 1734, i la seva política cultural: el rei promou l'exploració de la vesuvian ciutats sepultada per l'erupció de el 79 d.C. (començat el 1738 a Herculà i en 1748 a Pompeia), i va supervisar la construcció de la ciutat a un Museu en canvi, per mitjà de la transferència de les residències de Roma, Parma i és part de la rica col·lecció heretat de la mare Elisabetta Farnese.
Això és degut a que el seu fill Fernandino IV pla per reunir a l'edifici actual, construït a finals del 1500, amb la destinació de cavallerizza i des de 1616 fins 1777 seient de la Universitat, els dos nuclis de la Farnese recollida i la col·lecció del Vesuvi artefactes ja exposat en el Herculà Museu de l'interior del Palau de Portici.
Des de 1777, l'edifici estava afectat per una llarga fase de reformes i projectes d'expansió, va encarregar als arquitectes F. Fuga i P. Schiantarelli. En la dècada de dominació francesa (1806-1815) les primeres instal·lacions es van fer i amb El Retorn dels Borbons de Nàpols l'any 1816 es va assumir el nom de Real Museu Borbonico. Concebut com un museu universal, va acollir instituts i laboratoris (la Biblioteca Reial, l'Acadèmia de dibuix, la papyri taller...), posteriorment transferits a altres llocs de 1957.
Les col·leccions del museu, que es va convertir nacional en 1860, s'han enriquit amb l'adquisició de troballes de les excavacions en els jaciments de la Campània i el sud d'Itàlia, i des del col·leccionisme privat. La transferència de la Pinacoteca de Capodimonte en 1957 determina l'actual fisonomia del Museu Arqueològic. Va cases precioses col·leccions i les troballes arqueològiques de distingir entre la prehistòria i tardo-Romana, edat a la qual s'afegeixen diverses col·leccions històriques, incloent-hi els de la família Farnese, els Borja, i la col·lecció de l'antic Egipte.