O Museu Arqueológico está localizado em um contexto arquitetônico extraordinário, o antigo convento do maior mosteiro de San Maurizio, fundado no século VIII d. C., onde a história da antiga Milão ainda mostra seus vestígios. A área foi ocupada por um edifício residencial do século I D. C., As paredes e o Grande Circo Romano adjacente ao Palácio Imperial do final do século III d. C., dos quais restos substanciais foram preservados.
As coleções são exibidas em diferentes salas, dependendo da cultura de pertença. No piso térreo, depois do primeiro claustro (decoração arquitetônica de origem milanesa) é a seção dedicada à antiga Milão. A visita continua no claustro interno ("the Milanese society through the epigraphs"), onde você pode visitar a torre poligonal (final do século III) com afrescos medievais (século XIII).
No porão você pode visitar a seção de arte de Gandara e a seção viver em Mediolanum. A partir do claustro interno do museu, ao longo da passagem que atravessa as paredes Romanas você chega ao edifício da via nirone 7, nova extensão do Museu. No rés-do-chão, ao lado da sala de conferências-é estabelecido um caminho dedicado à música antiga (sons silenciosos. Imagens e instrumentos musicais do Museu Arqueológico Cívico de Milão). No primeiro andar está a seção Alta Idade Média, no segundo a seção Etrusca, enquanto o terceiro andar é dedicado à seção grega. A partir de uma pequena sala no fundo da seção Etrusca você pode dar uma olhada nas duas torres Romanas do complexo do Mosteiro principal. Dentro da torre poligonal das paredes é exibida uma escultura doada ao município de Milão por Mimmo Paladino. As coleções Egípcias, pré-históricas e protohistóricas estão expostas nas salas Visconti do Castello Sforzesco.