O Museu Arqueológico de Mykonos foi erguido em 1902. O Museu foi criado principalmente para preservar os vestígios recuperados da fossa de purificação que data de 426-425 a.C. Esta fossa foi desenterrada no ano de 1898 pelo famoso estudioso D. Stavropoulos da pitoresca ilhota da Renânia. A elegante característica arquitectónica do museu foi concebida pelo famoso arquitecto, Alexandros Lykakis. A ideia da construção do edifício que alberga o museu nasceu do Ministério da Educação, em colaboração com a Sociedade Arqueológica de Atenas. A colecção de vasos pertencentes ao período helenístico são também dignos de nota pela sua presença. Uma das principais atracções do museu é a representação de pithos artisticamente feitos com habilidade, retratando as cenas da Captura de Tróia. Esta notável medula foi desenterrada no ano de 1961, enquanto escavadores cavavam um poço em Mykonos.
Os medos retratam artisticamente a queda do exército de Tróia do quintessencial Cavalo de Madeira. O corpo do pithos é encerrado com painéis que retratam soldados que vão numa ofensiva contra mulheres e crianças inocentes. Os estudiosos acreditam que o pithos é datado do século VII AC. Há também a enorme ânfora arcaica que se destaca com um embelezamento de concepção intrincada. De particular significado é uma estátua com uma esfinge no pescoço e uma cabeça de cavalo no corpo.
A estela Grave de Glykon também se distingue pela sua presença, que por acaso foi descoberta no mar. A vítima é vista sentada nas rochas, com um humor pungente e pensativo a olhar em branco na direcção da proa do navio. No pedestal há uma inscrição com estas palavras Glykon, filho de Protogenis, virtuoso, que te dá bem. Esta estela tumular é uma das inestimáveis colecções do museu.
Para além da estela Grave de Glykon, existe também a estela Grave de Tertia Horaria. A mulher falecida é vista sentada e estende a sua mão de despedida ao seu marido, que é posicionado mesmo à frente. Há também uma imagem de uma criança escrava com o recipiente de jóias da sua falecida senhora. Esta estela tumular foi colocada em cima de um sarcófago de mármore com a inscrição Tertia Horaria escrita no famoso cemitério helenístico localizado na Renânia. Acredita-se que pertença ao século II a.C.
Há também a estátua de Heracles da Renânia. Esta estátua inestimável foi encontrada em 1899 dentro do céu seguro de Heracles. O homem corajoso é representado nu e tem na mão esquerda um taco e uma pele de leão. Esta estátua requintada é feita da mais fina variedade de mármore Pariano e acredita-se que pertença ao século II. A quintessencial frigideira cicládica com o seu intrincado adorno que inclui os genitais femininos na porção inferior foi desenterrada de uma sepultura de Mykonos e acredita-se que pertença ao início da era cicládica.
Um dos artefactos mais conhecidos dos museus é a Hidria Arcaica, que é embelezada com padrões florais de concepção intrincada e imagens de cavalos. É apenas um dos muitos vasos que foram desenterrados do Poço de Purificação. A maravilhosa hidria de figuras vermelhas também vale bem a pena ser vista, e é bem visível pela estatura de uma Nike voadora. Vê-se um veado a fugir para o lado esquerdo.
Sabia-se que a antiga civilização grega usava a argila para dar forma a figuras artísticas. O Museu Arqueológico de Mykonos tem em exposição uma soberba figura de barro de uma bela mulher que é retratada como usando o tradicional chiton e himação. Esta rara estatueta de barro foi descoberta na Renânia e remonta ao século II. Também se destaca pela sua presença a estátua de um homem morto vestindo o vestido tradicional. Tal como a estatueta de barro da bela mulher, também esta estátua do homem morto foi desenterrada da localidade da Renânia helenística.