El museu va ser construït entre 1933 i 1939 per acollir dos vaixells gegantins que van pertànyer a l'emperador Calígula (37-41 dC) recuperats de les aigües del llac entre 1929 i 1931. Va ser, per tant, el primer museu d'Itàlia que es va construir en funció. del contingut, dos cascs que mesuren respectivament m. 71,30 x 20 i m. 73 x 24, malauradament destruït durant un incendi l'any 1944. Reobert l'any 1953, el Museu es va tornar a tancar l'any 1962 i finalment es va reobrir definitivament l'any 1988.En el nou traçat, l'ala esquerra està dedicada a les naus, de les quals s'hi exposen alguns materials, com la reconstrucció de la coberta amb teula de bronze, dues àncores, el recobriment de la roda de proa, alguns originals o reconstruïts a bord. equips (a , una bomba de pistó, un bloc, una plataforma de rodaments de boles). També són visibles dues maquetes de les naus a escala 1:5 i la reconstrucció a escala real de la popa aposticcio del primer vaixell, sobre la qual s'han col·locat les còpies en bronze de les caixes amb protomes salvatges.L'ala dreta es dedica, en canvi, a la població del territori albanès a l'època republicana i imperial, amb especial consideració als llocs de culte; S'hi exposen materials votius de Velletri (S. Clemente), de Campoverde (Llatina) de Genzano (estipe de Pantanacci) i del Santuari de Diana a Nemi, a més de materials de la Col·lecció Ruspoli. Dins d'aquesta ala també es pot admirar una secció museística de la pavimentació romana del clivus Virbii, que conduïa des d'Ariccia fins al Santuari de Diana.