ARQUA és un referent imprescindible per descobrir el patrimoni subaquàtic espanyol en dos grans àmbits. El primer, "Patrimoni Cultural Subaquàtic", que se centra en l'explicació de la metodologia utilitzada en les excavacions submarines.Els dos edificis per una estructura moderna impressionant, enllaçats sota el nivell del sòl i dissenyats per crear un efecte submarí. A l'interior, aquest espai excepcional conté exposicions que expliquen el fascinant procés de l'arqueologia submarina en si, i una col·lecció eclèctica d'artefactes relacionats amb vaixells històrics utilitzats en l'antic comerç marítim mediterrani.Una característica interessant és la rèplica d'una de les naus fenicies (segle VII dC), trobada a Mazarrón. L'altra zona, coneguda com "Mare Hibericum", convida el visitant a descobrir la Península Ibèrica a través de la dinàmica història comercial de la Mediterrània, des de l'antiguitat fins al segle XIX.També hi ha ullals d'elefant d'època fenicia, descoberts al jaciment del Baix de la Campana. És el primer museu d'arqueologia subaquàtica d'Espanya.Algunes de les millors característiques són les seccions transversals reconstruïdes dels vaixells que mostren com es van construir els vaixells i com s'estibaven les càrregues. Hi ha uns diorames en miniatura molt detallats que mostren escenes d'activitat portuària i models de vaixells de diverses èpoques.L'última mostra tracta sobre la fragata espanyola Nuestra Senora de las Mercedes, que es va enfonsar a Portugal l'any 1804. El naufragi va generar un important cas legal entre el govern espanyol i l'empresa de caça del tresor Odyssy Marine Exploration, que va suposar la devolució d'uns 500 milions de dòlars. valor d'artefactes saquejats a Espanya, inclosa una gran quantitat de monedes tradicionals espanyoles que s'exhibeixen al museu.