ARQUA é uma referência essencial para a descoberta do património subaquático espanhol em duas grandes áreas. A primeira, "Património Cultural Subaquático", que se centra na explicação da metodologia utilizada nas escavações subaquáticas. Os dois edifícios para uma impressionante estrutura moderna, ligados abaixo do nível do solo e concebidos para criar um efeito subaquático. No interior, este notável espaço contém exposições que explicam o fascinante processo da própria arqueologia subaquática, e uma colecção ecléctica de artefactos relacionados com navios históricos utilizados no antigo comércio marítimo mediterrânico. Uma característica interessante é a réplica de uma das naves fenícias (século VII d.C.), encontrada em Mazarrón. A outra zona, conhecida como "Mare Hibericum", convida os visitantes a descobrir a Península Ibérica através da história dinâmica do comércio do Mediterrâneo, desde a antiguidade até ao século XIX. Há também presas de elefante da época fenícia, descobertas no sítio do Bajo de la Campana. É o primeiro museu de arqueologia subaquática em Espanha. Algumas das melhores características são as secções transversais reconstruídas dos navios mostrando como os navios eram construídos e como as cargas eram estivadas. Há alguns dioramas em miniatura muito detalhados mostrando cenas de actividade portuária e modelos de embarcações de várias épocas.
A última exposição é sobre a fragata espanhola Nuestra Senora de las Mercedes, que se afundou ao largo de Portugal em 1804. O naufrágio deu origem a um importante processo judicial entre o governo espanhol e a empresa de caça ao tesouro Odyssy Marine Exploration, que resultou na devolução de cerca de 500 milhões de dólares de artefactos saqueados a Espanha, incluindo uma riqueza de moedas tradicionais espanholas que se encontram expostas no museu.
