Das Museum befindet sich in den Räumen neben der Wallfahrtskirche Unserer Lieben Frau von Bonaria, auf dem gleichnamigen Hügel, in einem Gebäude aragonischen Ursprungs und Sitz des Mercedari-Ordens, der vor allem für sein jahrhundertelanges Engagement für die Befreiung der Sklaven bekannt ist. Das Heiligtum verdankt seine Berühmtheit vielmehr dem hölzernen Simulakrum der Madonna, die 1370 am Strand vor ihm landete, und der daraus folgenden Bekräftigung eines starken Marienkultes als Beschützerin der Seeleute. Bei den gesammelten Reliquien handelt es sich größtenteils um Votivgaben derer, die dem Schiffbruch oder der Sklaverei entkommen sind, aber es mangelt auch nicht an Opfergaben von Herrschern und Personen mit illustren Namen, wie z.B. die goldenen Kronen, die im Februar 1816 von Vittorio Emanuele I. und Maria Teresa gespendet wurden. Gewänder, Monstranzen, Kelche und kostbare Reliquiare, Geschenke von Fürsten und Prälaten, sind in den Fenstern verdickt. Von der Spitze einer Mauer leuchtet der große silberne Anker, der von Königin Margherita von Savoyen angeboten wird. Säbel, Dekorationen, Münzen, Porzellan und sogar Schallplatten und Bomben füllen die Vitrinen.
