Museum ini dibangun antara tahun 1933 dan 1939 untuk menampung dua kapal raksasa milik Kaisar Caligula (37-41 M) yang ditemukan di perairan danau antara tahun 1929 dan 1931. Oleh karena itu, museum ini merupakan museum pertama di Italia yang dibangun untuk isinya, dua lambung kapal masing-masing berukuran 71,30 x 20 m dan 73 x 24 m, yang sayangnya hancur saat kebakaran pada tahun 1944. Dibuka kembali pada tahun 1953, Museum ini ditutup kembali pada tahun 1962 dan akhirnya dibuka kembali pada tahun 1988.
Dalam tata letak baru, sayap kiri didedikasikan untuk kapal, di mana beberapa bahan dipamerkan, seperti rekonstruksi atap dengan ubin perunggu, dua jangkar, lapisan roda haluan, beberapa peralatan asli atau rekonstruksi di atas kapal (noria, pompa piston, blok, platform pada bantalan bola). Juga dipamerkan dua model kapal berskala 1:5 dan rekonstruksi skala penuh dari apostikel buritan kapal pertama, di mana salinan perunggu dari kotak dengan protom ferine telah ditempatkan.
Sayap kanan, di sisi lain, didedikasikan untuk penduduk wilayah Albania di zaman Republik dan Kekaisaran, dengan fokus khusus pada tempat-tempat pemujaan; bahan nazar dari Velletri (S. Clemente), Campoverde (Latina), Genzano (stipe of Pantanacci) dan Sanctuary of Diana di Nemi, serta bahan-bahan dari Koleksi Ruspoli dipamerkan di sini. Di dalam sayap ini juga memungkinkan untuk mengagumi bagian musealisasi dari batu paving Romawi dari clivus Virbii, yang mengarah dari Ariccia ke Sanctuary of Diana.
