Museum penjajahan dibuka pada tanggal 1 Juli 2003, dan dipersembahkan untuk periode 1940-191 dalam sejarah Estonia, ketika negara ini diduduki oleh Uni Soviet, kemudian Nazi Jerman, dan kemudian lagi oleh Uni Soviet. Selama sebagian besar waktu ini negara dikenal sebagai Republik Sosialis Soviet Estonia.