Ustanovljena leta 2001 Kardinal Carlo Maria Martini, ki je bil nato imenovan leta 2017, muzej je krajem, pomemben projekt, ki nekaj največjih osebnosti Milanese Nadškofom dvajsetega stoletja je dal odločilen prispevek. Njeni začetki segajo v prvo intuicija od Blagoslovljeni Ildefonso Schuster leta 1931, nato prevzame Kardinal Montini leta 1960, ki se kaže kot sedež nove muzej samostani Sant'eustorgio, eno osrednjo mesta za zgodovino Ambrosian Krščanstvo. Končno, Kardinal Martini, v Osemdesetih letih, je bila zaupana s težko nalogo začetkom obnove delo Samostani, hudo poškodovana ga bombardiranj v Drugi Svetovni Vojni, zaupa Belgiojoso studio.Prvi Dominikanski Samostan v Milanu je bil, ki se nahajajo tukaj, se začne v trinajstem stoletju, in dve Samostani, kjer je Muzej Bazilika Sant'eustorgio in Diocesan Muzej se nahaja, so tisto, kar ostaja, da stari samostan.
Stalna zbirka Diocesanskega muzeja, ki je v drugem samostanu, je sestavljena iz več kot tisoč del med stoletji II in XXI. Iz Nadškof urada prišel zbirke Milanese salzburški (del Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli zbiranje in skupaj Erba Odescalchi zbirka).
Poleg slik škofije muzej ohranja tudi veliko število del liturgičnega pohištva. Zbiranje se zaključi s razdelek, namenjen zlato sredstev (deluje v Štirinajstem in petnajstega stoletja, večinoma Tuscan, je zbral prof. Alberto Crespi in podaril muzeju), kot tudi skulpture in slike iz zbirke Caterina Marcenaro, risbe iz Sozzani, zbiranje in plemenitih Schubert zapuščina.
Končno, da se prvi jedro kiparskih del z Lucio Fontana, so bili dodani številna dela XX in XXI stoletja, izjavo o vse večje zanimanje muzeja za contemporaneity.
