Muzej San Gimignano nalazi se u drevnom samostanu Santa Chiara, koji je u prošlosti korišten kao zimski vrt za mlade dame iz dobrih obitelji, a kasnije kao srednja škola. Kompleks je podvrgnut restauratorskim radovima između 1980-ih i 1990-ih, pretvarajući ga u izložbeni centar od velikog interesa. Unutar muzeja postoji nekoliko odjeljaka, uključujući Arheološki muzej, Santa Fina Spezieria i galeriju moderne i suvremene umjetnosti "Raffaele De Grada".Arheološki muzej San Gimignana čuva važna svjedočanstva koja govore o najstarijoj povijesti San Gimignana, od arhaične etruščanske ere do osamnaestog stoljeća. Izložba je podijeljena u dva dijela: jedan posvećen etruščanskoj i rimskoj umjetnosti, s nalazima iz naselja i nekropola na tom području, koji datiraju od 7. do 1. stoljeća prije Krista; drugi dio posvećen je zanatskim proizvodnim djelatnostima, poput stakla i keramike, koje su bile prisutne u gradu tijekom srednjeg vijeka.Spezieria di Santa Fina pripojena je istoimenoj bolnici, osnovanoj sredinom 13. stoljeća. Izložba predstavlja pokućstvo i opremu iz drevnih zdravstvenih ustanova grada. Raspored rekreira okoliš i izvorne arome ljekarne, jedne od najstarijih u Toskani. Proizvodi su bili sadržani u visokokvalitetnim keramičkim i staklenim posudama, koje datiraju od 15. do 18. stoljeća. Itinerer izložbe prati povijest medicine i djelatnosti vezane uz rad ljekarnika. Izloženi su i brojni drevni lijekovi, poput ulja škorpiona i komponenti koje se koriste u pripremi lijekova.Galerija moderne i suvremene umjetnosti "Raffaele De Grada" nazvana je po poznatom milanskom slikaru Raffaeleu De Gradi. Umjetnik je odabrao San Gimignano kao svoj dom nakon putovanja po Europi. Galerija prikazuje mnoga djela De Grada i drugih umjetnika 19. i 20. stoljeća. Stalna zbirka uključuje djela iz toskanskog 19. i 20. stoljeća. Tu su i dvije monografske sobe posvećene Niccolu Cannicciju i Raffaeleu De Gradi te djelima Giannetta Fieschija. Galeriju obogaćuju i talijanske slike od 1930-ih do 1980-ih iz Zbirke Pacchiani.Galerija moderne i suvremene umjetnosti predstavlja najvažniji izložbeni prostor u San Gimignanu, gdje se organiziraju česte privremene izložbe posvećene umjetnosti 19., 20. i suvremenoj umjetnosti.
