Emri I Muzeut Allard Pierson rrjedh nga profesori i parë i arkeologjisë klasike në Universitetin e Amsterdamit, Allard Pierson (1831-1896). Ky ish-klerik u ftua në vitin 1877 për të zënë katedrën E Estetikës, Historisë Së Artit dhe Gjuhëve Moderne në universitetin e sapoformuar. Pasioni i tij për antikitetin, i ushqyer nga udhëtimet e tij në zonën E Mesdheut, çoi në montimin e tij një koleksion hedhjesh suvaje nga 1877 në 1895.
Profesori i dytë i arkeologjisë në Universitetin e Amsterdamit, Jan Six, kishte një koleksion të madh personal të librave dhe objekteve antike. Në vdekjen e tij në 1926, universiteti kishte interes në marrjen e mbledhjes së tij. Në 1932, djali I Pierson Jan Lodewijk themeloi Fondacionin Allard Pierson në mënyrë që të bënte koleksionin e antikiteteve të disponueshëm për kërkime dhe mësimdhënie. Koleksioni u soll në një ndërtesë Në Weesperzijde në Amsterdam, me katin e fundit që shërbente si muze.
Koleksioni u rrit për shkak të blerjeve, dhuratave dhe kredive të objekteve dhe dokumenteve. Më 12 nëntor 1934, Muzeu Allard Pierson u hap zyrtarisht në një ndërtesë Në Sarphatistraat 129-131 (këndi I Roeterstraat). Muzeu përfundimisht tejkaloi ndërtesën e tij. Një ndërtesë e re u bë e disponueshme kur Banka Nederlandse liroi zyrën e tyre Në Oude Turfmarkt në 1976. H. R. H. Princesha Beatrix mori pjesë në rihapjen e muzeut më 6 tetor 1976.
Muzeu ka koleksione që lidhen me qytetërimet e lashta të Egjiptit, Lindjes së Afërt, Botës greke, Etrurisë dhe Perandorisë Romake. Koleksionet përfshijnë objekte arti dhe vegla që datojnë nga 4000 PARA KRISHTIT deri në 500 PAS KRISHTIT. Ekzistojnë gjithashtu modele në shkallë të tempujve dhe ndërtesave antike. Në ekspozitën E Egjiptit Të Lashtë ka një dhomë kushtuar vdekjes, me mumiet, sarkofagët dhe një film që tregon procesin e mumifikimit. Papafingo e hedhur në suva, që do të vizitohet vetëm me një turne të udhëzuar, tregon kopje të statujave Romake dhe greke. Koleksioni i qeramikës greke të muzeut përmban shembuj të qeramikës me figurë të zezë dhe me figurë të kuqe të prodhuar NË shekujt e pestë dhe të gjashtë PARA KRISHTIT. Një koleksion sarkofagësh Romakë është gjithashtu në shfaqje, duke përfshirë një arkivol të rrallë prej druri nga rreth 150 PAS KRISHTIT që është gdhendur pjesërisht në formën e njeriut brenda tij.
