Muzeu Arkeologjik i Mykonos u ngrit në vitin 1902. Muzeu u krijua kryesisht për të ruajtur mbetjet e gjetura nga Gropa e Pastrimi që daton në vitet 426-425 p.e.s. Kjo gropë u zbulua në vitin 1898 nga studiuesi i njohur D. Stavropoulos nga ishulli piktoresk i Rheneia. Tipari elegant arkitektonik i muzeut është projektuar nga arkitekti i njohur, Alexandros Lykakis. Ideja e ndërtimit të godinës ku ndodhet muzeu lindi nga Ministria e Arsimit në bashkëpunim me Shoqërinë Arkeologjike të Athinës.Për nga prania e tyre dallohen edhe koleksionet e vazove që i përkasin periudhës helenistike. Një nga atraksionet kryesore të muzeut janë pitosët e punuar mjaft artistikisht që përshkruajnë me mjeshtëri skenat nga Kapja e Trojës. Ky pitos i mrekullueshëm u zbulua në vitin 1961 ndërsa gërmuesit po hapnin një pus në Mykonos.Pitos portretizojnë artistikisht rënien e ushtrisë trojane nga kali i parë i drurit. Trupi i pithos është i mbyllur me panele që paraqesin ushtarë që po kryejnë një ofensivë kundër grave dhe fëmijëve të pafajshëm. Studiuesit besojnë se pitosi daton në shekullin e VII para Krishtit. Ekziston edhe amfora masive arkaike që bie në sy me zbukurime të dizajnuara në mënyrë të ndërlikuar. Me rëndësi të veçantë është një statujë me një sfinks në qafë dhe një kokë kali në trup.Edhe stela e varrit të Glykon bie në sy nga prania e saj, e cila rastësisht u zbulua në det. Viktima shihet e ulur në shkëmbinj, në një humor të mprehtë dhe të zhytur në mendime, duke ngulur sytë bosh në drejtimin e lundrimit të anijes. Në piedestal ka një mbishkrim me këto fjalë Glykon, biri i Protogenis, i virtytshëm, të kaloftë mirë. Kjo stelë varri është një nga koleksionet e paçmuara të muzeut.Përveç stelës së Varrit të Glykonit, gjendet edhe stela e Varrit të Tertia Horarisë. Gruaja e ndjerë shihet e ulur dhe duke i zgjatur dorën ndarëse burrit të saj i cili është pozicionuar pikërisht përpara. Ekziston edhe një imazh i një fëmije skllav me kontejnerin e bizhuterive të zonjës së saj të ndjerë. Kjo stelë varri ishte vendosur mbi një sarkofag mermeri me mbishkrimin Tertia Horaria të shkruar në varrezat e njohura helenistike të vendosura në Rheneia. Besohet se i përket shekullit II para Krishtit.Aty ndodhet edhe statuja e Herakliut nga Reneia. Kjo statujë e paçmuar u gjet në 1899 brenda parajsës së sigurt të Herakliut. Burri trim është paraqitur nudo dhe mban një shkop dhe një lëkurë luani në dorën e majtë. Kjo statujë e hollë është bërë nga shumëllojshmëria më e mirë e mermerit Parian dhe besohet se i përket shekullit të 2-të. Tigani kryesor cikladik me zbukurimin e tij të ndërlikuar, i cili përfshin organet gjenitale femërore në pjesën e poshtme, u zbulua nga një varr i Mykonos dhe besohet se i përket epokës së hershme cikladike.Një nga artefaktet më të njohura të muzeut është Hydria Arkaike e cila është zbukuruar me modele lulesh të dizajnuara në mënyrë të ndërlikuar dhe imazhe kuajsh. Është vetëm një nga vazot e shumta që u zbuluan nga Gropa e Pastrimit. Hidria e mrekullueshme me figurë të kuqe gjithashtu ia vlen të shikohet dhe bie në sy nga shtati i një Nike fluturues. Një dre shihet duke u rrëmbyer në anën e majtë.Qytetërimi i lashtë grek dihej se përdorte argjilën për t'i dhënë formë figurave artistike. Muzeu Arkeologjik i Mykonos ka të ekspozuar një figurinë të shkëlqyer balte të një gruaje të bukur e cila është përshkruar e veshur me kiton dhe himation tradicional. Kjo figurë e rrallë balte u zbulua në Rheneia dhe daton në shekullin II. Në prani të saj bie në sy edhe statuja e një të vdekuri të veshur me fustanin tradicional. Ashtu si figurina balte e gruas së bukur, edhe kjo statujë e të vdekurit u zbulua nga lokaliteti i Rheneisë helenistike.