Muzeu u ndërtua midis viteve 1933 dhe 1939 për të strehuar dy anije gjigante që i përkisnin perandorit Kaligula (37-41 pas Krishtit) të nxjerra nga ujërat e liqenit midis viteve 1929 dhe 1931. Prandaj ishte muzeu i parë në Itali që u ndërtua në funksion të përmbajtjes, dy byk me përmasa përkatësisht m. 71,30 x 20 dhe m. 73 x 24, fatkeqësisht u shkatërrua gjatë një zjarri në 1944. I rihapur në 1953, Muzeu u mbyll përsëri në 1962 dhe përfundimisht u rihap përfundimisht në 1988.Në planimetrinë e re, krahu i majtë i dedikohet anijeve, nga të cilat janë ekspozuar disa materiale, si rikonstruksioni i çatisë me pllaka bronzi, dy spiranca, mbulesa e rrotës së harkut, disa origjinale ose të rindërtuara në bord. pajisje (a , një pompë pistoni, një bllok, një platformë mbajtëse topash). Gjithashtu duken dy modele të anijeve në shkallë 1:5 dhe rikonstruksioni në shkallë të plotë i aposticcio sternës së anijes së parë, mbi të cilën janë vendosur kopjet prej bronzi të kutive me protome të egra.Krahu i djathtë përkundrazi i kushtohet popullsisë së territorit shqiptar në epokën republikane dhe perandorake, veçanërisht për vendet e kultit; Përveç materialeve nga Koleksioni Ruspoli janë ekspozuar materiale votive nga Velletri (S. Clemente), nga Campoverde (Latina) nga Genzano (stipi i Pantanaccit) dhe nga shenjtërorja e Dianës në Nemi. Brenda këtij krahu është gjithashtu e mundur të admirosh një pjesë muzeale të shtrimit romak të clivus Virbii, e cila të çonte nga Ariccia në shenjtëroren e Dianës.
