ARQUA është një referencë thelbësore për zbulimin e trashëgimisë nënujore spanjolle në dy zona të mëdha. E para, "Trashëgimia kulturore nënujore", e cila fokusohet në shpjegimin e metodologjisë së përdorur në gërmimet nënujore.Dy ndërtesat për një strukturë moderne mbresëlënëse, të lidhura nën nivelin e tokës dhe të projektuara për të krijuar një efekt nënujor. Brenda, kjo hapësirë e jashtëzakonshme përmban ekspozita që shpjegojnë procesin magjepsës të vetë arkeologjisë nënujore dhe një koleksion eklektik të artefakteve që lidhen me anijet historike të përdorura në tregtinë e lashtë detare mesdhetare.Një tipar interesant është kopja e një prej anijeve fenikase (shekulli VII pas Krishtit), e gjetur në Mazarrón. Zona tjetër, e njohur si "Mare Hibericum", fton vizitorët të zbulojnë Gadishullin Iberik përmes historisë dinamike tregtare të Mesdheut, nga antikiteti deri në shekullin e 19-të.Ka edhe tufa elefantësh nga koha fenikase, të zbuluara në vendin Bajo de la Campana. Është muzeu i parë arkeologjik nënujor në Spanjë.Disa nga karakteristikat më të mira janë seksionet kryq të rindërtuar të anijeve që tregojnë se si u ndërtuan anijet dhe se si u depozituan ngarkesat. Ka disa diorama shumë të detajuara në miniaturë që tregojnë skena të aktivitetit portual dhe anije model nga periudha të ndryshme.Shfaqja e fundit ka të bëjë me fregatën spanjolle Nuestra Senora de las Mercedes, e cila u mbyt në Portugali në 1804. Mbyllja shkaktoi një çështje të rëndësishme ligjore midis qeverisë spanjolle dhe kompanisë së gjuetisë së thesarit Odyssy Marine Exploration, e cila rezultoi në kthimin e rreth 500 milionë dollarëve vlera e objekteve të grabitura në Spanjë, duke përfshirë një pasuri të monedhave tradicionale spanjolle që janë të ekspozuara në muze.
