Numele muzeului Allard Pierson provine de la primul profesor de Arheologie clasică de la Universitatea din Amsterdam, Allard Pierson (1831-1896). Acest fost cleric a fost invitat în 1877 să ocupe Catedra de estetică, Istoria Artei și limbi moderne la Universitatea nou înființată. Pasiunea sa pentru antichitate, alimentată de călătoriile sale în zona mediteraneană, a dus la asamblarea unei colecții de mulaje din ipsos din 1877 până în 1895.
Al doilea profesor de arheologie de la Universitatea din Amsterdam, Jan Six, avea o mare colecție personală de cărți și obiecte antice. La moartea sa în 1926, universitatea a avut interesul de a-și achiziționa colecția. În 1932, fiul lui Pierson Jan Lodewijk a înființat Fundația Allard Pierson pentru a face colecția de antichități disponibilă pentru cercetare și predare. Colecția a fost adusă într-o clădire de pe Weesperzijde din Amsterdam, ultimul etaj servind drept muzeu.
Colecția a crescut datorită achizițiilor, cadourilor și împrumuturilor de artefacte și documente. La 12 noiembrie 1934, Muzeul Allard Pierson a fost deschis oficial într-o clădire de la Sarphatistraat 129-131 (colțul Roeterstraat). Muzeul și-a depășit în cele din urmă clădirea. O nouă clădire a devenit disponibilă când banca Nederlandse și-a eliberat biroul de la Oude Turfmarkt în 1976. H. R. H. Prințesa Beatrix a participat la redeschiderea muzeului la 6 octombrie 1976.
Muzeul are colecții legate de civilizațiile antice din Egipt, Orientul Apropiat, lumea greacă, Etruria și Imperiul Roman. Colecțiile includ obiecte de artă și ustensile datând din 4000 î.hr. până în 500 D. hr. Există, de asemenea, modele la scară de temple și clădiri antice. În expoziția Egiptului antic există o cameră dedicată morții, cu mumii, sarcofage și un film care prezintă procesul de mumificare. Mansarda turnată în ipsos, care va fi vizitată doar cu un tur ghidat, prezintă copii ale statuilor romane și grecești. Colecția de ceramică greacă a muzeului prezintă exemple de ceramică cu figuri negre și roșii produse în secolele al V-lea și al VI-lea î.hr. O colecție de sarcofage Romane este, de asemenea, expusă, inclusiv un sicriu rar din lemn din jurul anului 150 D.HR., care este sculptat parțial în forma omului din el.
