Marele Consiliu al orașului a fondat Muzeul arheologic în 1561. În anii 1800, colecția de pietre funerare romane a fost îmbogățită cu cele ale lui P. Vimercati Sozzi și G. Mantovani și mai târziu cu descoperirile Superintendenței arheologice din Lombardia. Secțiunea preistorică include piese din perioada neolitică până în epoca fierului de pe teritoriul Bergamo. Sunt deosebit de relevante urnele cinerare din cimitirul golasecca din Brembate Di Sotto. Mai multe piese din locurile de înmormântare sunt artefacte galice și obiecte ale culturii romane. Secțiunea lapidară prezintă pietre funerare romane care mărturisesc prezența familiilor celtice indigene și a cetățenilor romani care s-au mutat spre nord. În secțiunea dedicată orașului, povestim istoria Bergamo, de la așezarea protoistorică Golasecca până la Primăria romană. Frescele într-o domus poate fi datat între sfârșitul primului și al doilea d. hr. Statuile atrag atenția pentru calitatea lor înaltă și pentru antichitatea lor (secolul I î.HR.). Secțiunea medievală superioară prezintă piese gotice și Lombarde, inclusiv un Arsenal remarcabil de războinici. Unele cruci de frunze de aur sunt opere de artă excelente.
