Muzeul Național de Arheologie din Napoli este printre cele mai vechi și mai importante din lume pentru bogăția și unicitatea patrimoniului său și pentru contribuția sa la scena culturală europeană. Originea și formarea de colecții sunt legate de cifra de Carol al III-lea de Bourbon, pe tronul Regatului Napoli din 1734, și de politică culturală: regele promovat de explorare a vesuvian orașe îngropate de erupția din 79 d.C. (început în 1738 la Herculaneum și în 1748 de la Pompei), și a supravegheat construirea în oraș la un Muzeu în Schimb, prin transferul de reședințe în Roma și Parma și este parte din bogata colecție a moștenit de la mama Elisabeta Farnese.
Se datorează fiului său Ferdinando al IV-lea planul de a reuni în clădirea actuală, construită la sfârșitul anului 1500 cu destinația cavallerizza și din 1616 până în 1777 sediul Universității, cele două nuclee ale colecției Farnese și colecția de artefacte Vesuvius expuse deja în Muzeul Herculaneum din interiorul Palatului Portici.
Din 1777 clădirea a fost afectată de o lungă fază de lucrări de renovare și extindere, încredințate arhitecților F. Fuga și P. Schiantarelli. În deceniul dominației franceze (1806-1815) au fost făcute primele instalații și odată cu întoarcerea Bourbonilor la Napoli în 1816 și-a asumat numele de real Museo Borbonico. Conceput ca un muzeu universal, a găzduit institute și laboratoare (Biblioteca Regală, Academia de desen, atelierul papirus...), transferat ulterior în alte locații în 1957.
Colecțiile muzeului, care au devenit naționale în 1860, s-au îmbogățit cu achiziționarea de Descoperiri din săpăturile din siturile din Campania și sudul Italiei și din colectarea privată. Transferul Pinacotecii la Capodimonte în 1957 determină fizionomia actuală a Muzeului Arheologic. Găzduiește colecții prețioase și descoperiri arheologice care se disting între epocile preistorice și romane târzii, la care se adaugă mai multe colecții istorice, inclusiv cele ale familiei Farnese, Borgia și colecția Egiptului Antic.
