Muzeul ocupațiilor a fost deschis la 1 iulie 2003 și este dedicat perioadei 1940-1991 din istoria Estoniei, când țara a fost ocupată de Uniunea Sovietică, apoi de Germania Nazistă și apoi din nou de Uniunea Sovietică. În cea mai mare parte a acestei perioade, țara a fost cunoscută sub numele de Republica Socialistă Sovietică Estonă.