Muzeul se află în spații adiacente la sanctuarul fecioarei de Bonaria, pe dealul cu același nume, într-o clădire de aragoneză origine și sediul Ordinului de Mercedari, cunoscut mai ales pentru angajamentul făcut de-a lungul secolelor în favoarea eliberarea de sclavi. Sanctuarul, pe de altă parte, își datorează faima simulacrului de lemn al Madonei aterizat pe plaja din față în 1370 și afirmarea în consecință a unui cult puternic al Fecioarei ca protector al marinarilor. Memorabiliile colectate sunt, în mare parte, ex voto ale evadaților din naufragiu sau sclavie, cu toate acestea, nu lipsesc ofertele suveranilor și oamenilor cu nume ilustre, cum ar fi, de exemplu, coroanele de aur oferite, în februarie 1816, de Vittorio Emanuele I și Maria Teresa. Veșmintele, monstranțele, paharele și relicvele prețioase, darurile prinților și prelaților, sunt îngroșate în ferestre. Din vârful unui zid strălucește Marea ancoră de argint oferită de Regina Margareta de Savoia. Sabii, decorațiuni, monede, porțelan și chiar pluguri și bombe umplu ferestrele.
