Muzeum bylo postaveno v letech 1933-1939, aby v něm byly umístěny dvě obrovské lodě císaře Caliguly (37-41 n. l.), které byly nalezeny ve vodách jezera v letech 1929-1931. Bylo to tedy první muzeum v Itálii, které bylo postaveno pro svůj obsah, dva trupy o rozměrech 71,30 x 20 m a 73 x 24 m, které byly bohužel zničeny při požáru v roce 1944. Muzeum bylo znovu otevřeno v roce 1953, v roce 1962 bylo opět uzavřeno a nakonec znovu otevřeno v roce 1988.
V novém uspořádání je levé křídlo věnováno lodím, z nichž jsou vystaveny některé materiály, např. rekonstrukce střechy s bronzovými taškami, dvě kotvy, obložení příďového kola, některá původní nebo rekonstruovaná palubní zařízení (noria, pístové čerpadlo, blok, plošina na kuličkových ložiskách). K vidění jsou také dva modely lodí v měřítku 1:5 a rekonstrukce záďové apostily první lodi v plném měřítku, na které byly umístěny bronzové kopie schránek s ferinovými protomy.
Pravé křídlo je naopak věnováno osídlení albánského území v republikánském a císařském období, se zvláštním zaměřením na kultovní místa; jsou zde vystaveny votivní materiály z Velletri (S. Clemente), Campoverde (Latina), Genzana (stipa Pantanacci) a Dianiny svatyně v Nemi, jakož i materiály ze sbírky Ruspoli. Uvnitř tohoto křídla je také možné obdivovat muzealizovanou část římské dlažby clivus Virbii, která vedla z Ariccie do Dianiny svatyně.
