Múzeum bolo postavené v rokoch 1933 až 1939, aby v ňom boli umiestnené dve obrovské lode, ktoré patrili cisárovi Caligulovi (37-41 n. l.) a ktoré boli nájdené vo vodách jazera v rokoch 1929 až 1931. Bolo to teda prvé múzeum v Taliansku, ktoré bolo postavené pre svoj obsah, dva trupy s rozmermi 71,30 x 20 m a 73 x 24 m, ktoré boli, žiaľ, zničené počas požiaru v roku 1944. Múzeum bolo znovu otvorené v roku 1953, v roku 1962 bolo opäť zatvorené a nakoniec znovu otvorené v roku 1988.
V novom usporiadaní je ľavé krídlo venované lodiam, z ktorých sú vystavené niektoré materiály, napríklad rekonštrukcia strechy s bronzovými dlaždicami, dve kotvy, obloženie predného kolesa, niektoré pôvodné alebo rekonštruované palubné zariadenia (noria, piestové čerpadlo, blok, plošina na guľôčkových ložiskách). Vystavené sú aj dva modely lodí v mierke 1:5 a rekonštrukcia záďovej apostily prvej lode v plnom rozsahu, na ktorej sú umiestnené bronzové kópie schránok s ferinovými protomami.
Pravé krídlo je zasa venované osídleniu albánskeho územia v republikánskom a cisárskom období, so špeciálnym zameraním na kultové miesta; sú tu vystavené votívne materiály z Velletri (S. Clemente), Campoverde (Latina), Genzano (stipa Pantanacci) a Dianina svätyňa v Nemi, ako aj materiály zo zbierky Ruspoli. V tomto krídle je možné obdivovať aj muzealizovanú časť rímskej dlažby clivus Virbii, ktorá viedla z Ariccie do Dianinej svätyne.
