Muzium Arkeologi Mykonos telah didirikan pada tahun 1902. Muzium ini ditubuhkan terutamanya untuk memelihara sisa-sisa yang ditemui dari Lubang Pemurnian yang bermula pada 426-425 B.C. Lubang ini telah digali pada tahun 1898 oleh sarjana terkenal D. Stavropoulos dari pulau kecil Rheneia yang indah. Ciri seni bina muzium yang elegan telah direka oleh arkitek terkenal, Alexandros Lykakis. Idea pembinaan bangunan yang menempatkan muzium itu dilahirkan oleh Kementerian Pendidikan dengan kerjasama Persatuan Arkeologi Athens.Koleksi pasu kepunyaan zaman Helenistik juga patut diberi perhatian dengan kehadirannya. Salah satu tarikan utama muzium ini ialah pithos yang dibuat secara artistik dengan mahir menggambarkan adegan dari Capture of Troy. Pithos yang luar biasa ini telah digali pada tahun 1961 semasa penggali menggali perigi di Mykonos.The pithos secara artistik menggambarkan kejatuhan tentera Trojan daripada Kuda Kayu yang asli. Badan pithos disertakan dengan panel yang menggambarkan askar sedang melakukan serangan terhadap wanita dan kanak-kanak yang tidak bersalah. Ulama percaya bahawa pithos bermula pada abad ke-7 SM. Terdapat juga amphora Archaic besar-besaran yang mencolok dengan hiasan yang direka dengan rumit. Kepentingan khusus ialah patung dengan sphinx di leher dan kepala kuda di badan.Prasasti Kubur Glykon juga boleh dilihat dengan kehadirannya yang secara kebetulan ditemui di dalam laut. Mangsa dilihat duduk di atas batu, dalam suasana pedih dan termenung sambil merenung kosong ke arah haluan kapal. Pada alas terdapat tulisan dengan kata-kata ini Glykon, anak Protogenis, berbudi, selamat sejahtera. Prasasti kubur ini adalah salah satu koleksi muzium yang tidak ternilai.Selain stele Grave Glykon, terdapat juga stele Grave of Tertia Horaria. Kelihatan wanita yang meninggal dunia sedang duduk sambil menghulurkan tangan berpisah kepada suaminya yang berada betul-betul di hadapan. Terdapat juga imej anak hamba dengan bekas barang kemas arwah wanitanya. Prasasti kubur ini diletakkan di atas sarkofagus marmar dengan tulisan Tertia Horaria di atasnya di tanah perkuburan Hellenistik terkenal yang terletak di Rheneia. Ia dipercayai milik abad ke-2 SM.Terdapat juga patung Heracles dari Rheneia. Patung yang tidak ternilai ini ditemui pada tahun 1899 di dalam syurga Heracles yang selamat. Lelaki berani itu digambarkan berbogel dan memegang kayu dan kulit singa di tangan kirinya. Patung indah ini diperbuat daripada pelbagai jenis marmar Parian yang terbaik dan dipercayai milik abad ke-2. Kuali Cycladic yang asli dengan hiasan rumitnya yang termasuk alat kelamin wanita di bahagian bawah telah digali dari kubur Mykonos dan dipercayai milik era Cycladic awal.Salah satu artifak muzium yang paling terkenal ialah Archaic Hydria yang dihiasi dengan corak bunga yang direka dengan rumit dan imej kuda. Ia hanyalah satu daripada banyak pasu yang digali dari Lubang Pemurnian. Hidria berfigura merah yang mengagumkan juga sangat berbaloi untuk dilihat dan dapat dilihat dengan perawakan Nike yang terbang. Kelihatan seekor rusa berlari ke arah sebelah kiri.Tamadun Yunani purba diketahui menggunakan tanah liat untuk memberi bentuk kepada tokoh seni. Muzium Arkeologi Mykonos telah mempamerkan patung Tanah Liat hebat seorang wanita cantik yang digambarkan memakai chiton dan himation tradisional. Patung tanah liat yang jarang ditemui ini ditemui di Rheneia dan bermula sejak abad ke-2. Turut ketara dengan kehadirannya ialah patung orang mati yang memakai pakaian tradisional. Seperti patung Tanah Liat wanita cantik itu, patung lelaki mati ini juga telah digali dari kawasan Hellenistik Rheneia.
