Den storslagna Villla dei Misteri är kanske den mest kända byggnaden av alla utgrävningar. Den består av ett sextiotal rum och är ruinen av ett romerskt förortsboende cirka 800 meter nordväst om Pompeji. Den har fått sitt namn från freskerna i ett av bostadens rum, som enligt de flesta forskare föreställer initiering av brudar till dionysiska njutningar.Komplexet, som delvis upptäcktes 1909-1910, är ett beundransvärt exempel på en blandning av villa d'otium och villa rustica, som möjligen tillhörde familjen Istacidii, en av de viktigaste familjerna i det augustanska Pompeji. Enligt de senaste studierna går dess arkitektoniska utformning tillbaka till 1000-talet f.Kr. med efterföljande omvandlingar fram till tiden för utbrottet (79 e.Kr.).Villans nuvarande utformning beror på de ingrepp som gjordes efter jordbävningen 62 e.Kr., då man började omvandla byggnaden från en villa till ett jordbruks- och produktionskomplex. Vid tiden för vulkanutbrottet år 79 e.Kr. pågick arbetet med att anpassa strukturen av den sista ägaren.Det lyxiga bostadskvarteret var beläget på västsidan och vände sig mot havet, med en slående perspektivisk axel som i tur och ordning bestod av ett atrium, ett tablinum och ett vardagsrum som i slutet avslutades av en halvcirkelformad exedra med fönster med panoramautsikt.Från vardagsrummet med exedra kommer man genom en sidogång in i mysteriernas sal. Namnet på villan beror på de fresker som dekorerar detta triclinium.Mysteriesalen kröns av en extraordinär bildcykel, som diskuteras flitigt av forskare, och som upptar rummets mittremsa, ovanför en sockel dekorerad med konstgjord marmor som fungerar som ett podium. Scenen domineras av det gudomliga paret i mitten av den bakre väggen, i vilket Dionysos och Afrodite (eller Ariadne) identifieras.Den narrativa spänningen når sin kulmen i den rituella scenen där en knäböjande kvinna avslöjar sin fallos, medan en bevingad figur är i färd med att rituellt flagellera.
