Didžiausias ir įdomiausias Rio de Žaneiro muziejus skirtas Brazilijos žmonijos istorijai nuo ikikolumbinių laikų iki XIX a. Eksponuojami paveikslai, skulptūros, nuotraukos, žemėlapiai ir ginklai, taip pat kiti istoriniai artefaktai. Galerijos, skirtos Brazilijos vietinėms gentims, iliustruoja jų gyvenimo būdą. Taip pat gerai pristatomos kolonijinės, imperinės ir respublikos epochos. Lankytojai gali apžiūrėti priešistorinių uolų piešinių iš Serra da Capivara uolų šiaurės rytų Brazilijoje kopiją, kuri, kaip teigiama, yra seniausias žmonių buvimo Pietų Amerikoje įrodymas.
