Nacionalni muzej San Jose jedan je od najvažnijih i najprestižnijih muzeja u Kostariki. Smješten u glavnom gradu zemlje, muzej je smješten u povijesnoj zgradi koja je izvorno bila vojni stožer. Muzej je posvećen povijesti i kulturi Kostarike, od prapovijesti do danas.Nacionalni muzej osnovao je 1887. godine predsjednik Kostarike Rafael Iglesias, a u početku je bio smješten u zgradi pokraj katedrale San Jose. Godine 1950. muzej se preselio na sadašnju lokaciju, u povijesnu zgradu nekadašnjeg vojnog stožera. Zgrada datira iz 19. stoljeća i ima neoklasicistički stil sa središnjim dvorištem i velikim stubištem.Zbirke Nacionalnog muzeja uključuju širok raspon predmeta, uključujući keramiku, skulpture, novčiće, oružje, odjeću i druge predmete koji ilustriraju povijest i kulturu Kostarike. Muzej također sadrži važnu zbirku pretkolumbovske umjetnosti, uključujući keramičkih i zlatnih predmeta.Među najistaknutijim izlošcima Nacionalnog muzeja je onaj posvećen kamenim kuglama, nizu velikih kamenih kugli koje su pronađene u raznim dijelovima zemlje. Ove kugle, koje potječu iz pretkolumbijskog razdoblja, bile su izrezane i obrađivane s velikom preciznošću te su ih znanstvenici tumačili na različite načine.Zanimljiva je anegdota o takozvanoj "zlatnoj sobi" muzeja, prostoriji u kojoj se nalazi velika količina pretkolumbovskih zlatnih predmeta. Soba je bila predmet krađe 1954. godine, kada su neki lopovi uspjeli ući i ukrasti nekoliko umjetnina. Vlada Kostarike pokrenula je veliku operaciju potrage i lopovi su ubrzo uhvaćeni, a umjetnički predmeti vraćeni.Nacionalni muzej San Jose i dalje je jedan od najvažnijih muzeja u Kostariki i svake godine privlači velik broj posjetitelja. Muzej je otvoren za javnost od utorka do nedjelje i nudi vođena obilaska, događanja i privremene izložbe.
