ARQUA je základnou referenciou na objavovanie španielskeho podmorského dedičstva v dvoch veľkých oblastiach. Prvá z nich, "Podvodné kultúrne dedičstvo", ktorá sa zameriava na vysvetlenie metodiky používanej pri podmorských vykopávkach. Dve budovy pre pôsobivú modernú štruktúru, prepojenú pod úrovňou zeme a navrhnutú tak, aby vytvárala podvodný efekt. Vo vnútri tohto pozoruhodného priestoru sa nachádzajú exponáty vysvetľujúce samotný fascinujúci proces podmorskej archeológie a eklektická zbierka artefaktov týkajúcich sa historických lodí používaných v starovekom stredomorskom námornom obchode. Zaujímavosťou je replika jednej z fénických lodí (7. storočie n. l.), ktorá sa našla v Mazarróne. Ďalšia oblasť, známa ako "Mare Hibericum", pozýva návštevníkov objavovať Pyrenejský polostrov prostredníctvom dynamickej obchodnej histórie Stredomoria od staroveku až po 19. storočie. Nachádzajú sa tu aj slonie kly z fenických čias, objavené v lokalite Bajo de la Campana. Je to prvé múzeum podmorskej archeológie v Španielsku. K najlepším exponátom patria zrekonštruované priečne rezy lodí, ktoré ukazujú, ako boli plavidlá skonštruované a ako bol uložený náklad. Nachádza sa tu niekoľko veľmi detailných miniatúrnych diorám, ktoré zobrazujú scény prístavnej činnosti a modely plavidiel z rôznych období.
Posledná expozícia je venovaná španielskej fregate Nuestra Senora de las Mercedes, ktorá sa potopila pri Portugalsku v roku 1804. Vrak sa stal podnetom pre dôležitý súdny spor medzi španielskou vládou a spoločnosťou Odyssy Marine Exploration, ktorá sa zaoberala hľadaním pokladov, vďaka čomu sa Španielsku vrátili ukoristené artefakty v hodnote približne 500 miliónov dolárov vrátane množstva tradičných španielskych mincí, ktoré sú vystavené v múzeu.