ARQUA jest niezbędną referencją do odkrywania hiszpańskiego dziedzictwa podwodnego w dwóch wielkich obszarach. Pierwszy z nich, "Podwodne dziedzictwo kulturowe", który koncentruje się na wyjaśnieniu metodologii stosowanej w podwodnych wykopaliskach. Dwa budynki do imponująca nowoczesna struktura, połączona poniżej poziomu gruntu i zaprojektowana tak, aby stworzyć podwodny efekt. Wewnątrz, ta niezwykła przestrzeń zawiera eksponaty wyjaśniające fascynujący proces samej archeologii podwodnej, a także eklektyczną kolekcję artefaktów odnoszących się do historycznych statków używanych w starożytnym handlu morskim na Morzu Śródziemnym. Ciekawostką jest replika jednego z fenickich statków (VII wiek n.e.), znaleziona w Mazarrón. Drugi obszar, znany jako "Mare Hibericum", zaprasza zwiedzających do odkrycia Półwyspu Iberyjskiego poprzez dynamiczną historię handlu na Morzu Śródziemnym, od starożytności do XIX wieku. Znajdują się tu również kły słoniowe z czasów fenickich, odkryte w miejscu Bajo de la Campana. Jest to pierwsze muzeum archeologii podwodnej w Hiszpanii. Jednymi z najlepszych elementów są zrekonstruowane przekroje statków pokazujące jak były one zbudowane i jak przechowywano ładunki. Znajduje się tam kilka bardzo szczegółowych miniaturowych dioram pokazujących sceny z działalności portu i modele statków z różnych epok.
Ostatnia ekspozycja dotyczy hiszpańskiej fregaty Nuestra Senora de las Mercedes, która zatonęła u wybrzeży Portugalii w 1804 roku. Wrak ten zapoczątkował ważną sprawę sądową pomiędzy rządem hiszpańskim a firmą poszukującą skarbów Odyssy Marine Exploration, która doprowadziła do zwrotu Hiszpanii zrabowanych artefaktów o wartości około 500 milionów dolarów, w tym wielu tradycyjnych hiszpańskich monet, które są wystawione w muzeum.