Het Nationaal Archeologisch Museum van Napels is een van de oudste en belangrijkste ter wereld voor de rijkdom en het unieke van zijn erfgoed en voor zijn bijdrage aan het Europese culturele toneel. De oorsprong en de vorming van de collecties zijn gekoppeld aan de figuur van Karel III van Bourbon op de troon van het Koninkrijk van Napels vanaf 1734, en zijn culturele beleid: de koning bevorderde de verkenning van de vesuvian steden begraven door de uitbarsting van de 79 d.C. (begonnen in 1738 in Herculaneum en in 1748 in Pompeii) en verantwoordelijk voor de bouw in de stad naar een Museum in Plaats daarvan, door de overdracht van woningen in Rome en Parma en is een onderdeel van de rijke collectie geërfd van de moeder Elisabetta Farnese.
Het is te danken aan zijn zoon Ferdinando IV het plan om samen te brengen in het huidige gebouw, gebouwd aan het eind van 1500 met de bestemming van cavallerizza en van 1616 tot 1777 zetel van de Universiteit, de twee kernen van de Farnese collectie en de collectie van Vesuvius artefacten al tentoongesteld in het Herculaneum in het Paleis van Portici.
Vanaf 1777 werd het gebouw getroffen door een lange fase van renovaties en uitbreidingsprojecten, toevertrouwd aan de architecten F. Fuga en P. Schiantarelli. In het decennium van de Franse overheersing (1806-1815) werden de eerste installaties gemaakt en met de terugkeer van de Bourbons naar Napels in 1816 nam het de naam van echte Museo Borbonico aan. Het museum werd ontworpen als een universeel museum en bevatte instituten en laboratoria (de Koninklijke Bibliotheek, De tekenacademie, de papyri workshop...), later overgebracht naar andere locaties in 1957.
De collecties van het museum, die in 1860 Nationaal zijn geworden, zijn verrijkt met de aankoop van vondsten uit opgravingen in Campanië en Zuid-Italië en van particuliere collecties. De overdracht van de Pinacoteca naar Capodimonte in 1957 bepaalt de huidige fysionomie van het Archeologisch Museum. Het herbergt kostbare collecties en archeologische vondsten onderscheiden tussen de prehistorische en late-Romeinse tijdperken waaraan meerdere historische collecties worden toegevoegd, waaronder die van de Farnese familie, de Borgia en de collectie van het oude Egypte.