ARQUA is een essentiële referentie voor het ontdekken van het Spaanse onderwatererfgoed in twee grote gebieden. Het eerste, "Onderwater Cultureel Erfgoed", dat zich richt op de uitleg van de methodologie die wordt gebruikt bij onderwateropgravingen. De twee gebouwen voor een indrukwekkende moderne structuur, verbonden onder de grond en ontworpen om een onderwatereffect te creëren. Binnen bevat deze opmerkelijke ruimte exposities waarin het fascinerende proces van de onderwaterarcheologie zelf wordt uitgelegd, en een eclectische verzameling artefacten met betrekking tot historische schepen die in de oude Middellandse Zee werden gebruikt. Interessant is de replica van één van de Fenicische schepen (7e eeuw na Christus) die in Mazarrón is gevonden. Het andere gebied, bekend als "Mare Hibericum", nodigt bezoekers uit om het Iberisch schiereiland te ontdekken via de dynamische handelsgeschiedenis van de Middellandse Zee, van de oudheid tot de 19e eeuw. Er zijn ook olifantenslagtanden uit de Fenicische tijd, ontdekt in de vindplaats Bajo de la Campana. Het is het eerste onderwatermuseum voor archeologie in Spanje. Enkele van de beste kenmerken zijn de gereconstrueerde dwarsdoorsneden van schepen die laten zien hoe de schepen waren gebouwd en hoe ladingen werden gestuwd. Er zijn zeer gedetailleerde miniatuurdiorama's van havenactiviteiten en modelschepen uit verschillende tijdperken.
De laatste tentoonstelling gaat over het Spaanse fregat Nuestra Senora de las Mercedes, dat in 1804 voor de kust van Portugal zonk. Het wrak leidde tot een belangrijke rechtszaak tussen de Spaanse regering en het schatzoekersbedrijf Odyssy Marine Exploration, die resulteerde in de teruggave aan Spanje van ongeveer 500 miljoen dollar aan geplunderde kunstvoorwerpen, waaronder een schat aan traditionele Spaanse munten die in het museum worden tentoongesteld.