ARQUA er en uundværlig reference til at opdage den spanske undervandsarv i to store områder. Det første, "Underwater Cultural Heritage", som fokuserer på forklaringen af den metodologi, der anvendes ved undervandsudgravninger. De to bygninger til en imponerende moderne struktur, der er forbundet under jordoverfladen og designet til at skabe en undervandseffekt. Indenfor indeholder dette bemærkelsesværdige rum udstillinger, der forklarer den fascinerende proces med selve undervandsarkæologien, og en eklektisk samling af artefakter vedrørende historiske skibe, der blev brugt i den antikke søhandel i Middelhavet. Et interessant element er en kopi af et af de fønikiske skibe (7. århundrede e.Kr.), der blev fundet i Mazarrón. Det andet område, der er kendt som "Mare Hibericum", inviterer besøgende til at opleve den iberiske halvø gennem Middelhavets dynamiske handelshistorie fra antikken til det 19. århundrede. Der er også elefantstødtænder fra den fønikiske tid, som er fundet i Bajo de la Campana-området. Det er det første undervandsarkæologiske museum i Spanien. Nogle af de bedste elementer er de rekonstruerede tværsnit af skibe, der viser, hvordan skibene blev bygget, og hvordan lasten blev stuvet. Der er nogle meget detaljerede miniature dioramaer, der viser scener med havneaktivitet og modelskibe fra forskellige epoker.
Den sidste udstilling handler om den spanske fregat Nuestra Senora de las Mercedes, som sank ud for Portugal i 1804. Vraget gav anledning til en vigtig retssag mellem den spanske regering og skattejægerfirmaet Odyssy Marine Exploration, som resulterede i, at Spanien fik tilbageført plyndrede genstande til en værdi af ca. 500 millioner dollars, herunder et væld af traditionelle spanske mønter, som er udstillet på museet.