ARQUA är en viktig referens för att upptäcka det spanska undervattensarvet i två stora områden. Det första, "Undervattens kulturarv", är inriktat på att förklara den metodik som används vid undervattensutgrävningar. De två byggnaderna för en imponerande modern struktur, sammanlänkad under marknivå och utformad för att skapa en undervattenseffekt. Inne i detta anmärkningsvärda utrymme finns utställningar som förklarar den fascinerande processen med själva undervattensarkeologin och en eklektisk samling artefakter med anknytning till historiska fartyg som användes i den antika sjöhandeln i Medelhavet. Ett intressant inslag är repliken av ett av de feniciska skeppen (700-talet e.Kr.) som hittades i Mazarrón. Det andra området, känt som "Mare Hibericum", inbjuder besökarna att upptäcka den iberiska halvön genom Medelhavets dynamiska handelshistoria, från antiken till 1800-talet. Det finns också elefantbetar från fenicisk tid, som upptäcktes i Bajo de la Campana-området. Det är det första undervattensarkeologiska museet i Spanien. Några av de bästa inslagen är de rekonstruerade tvärsektionerna av fartyg som visar hur fartygen var konstruerade och hur lasten stuvades. Det finns några mycket detaljerade miniatyrdioramor som visar scener av hamnverksamhet och modellfartyg från olika epoker.
Den sista utställningen handlar om den spanska fregatten Nuestra Senora de las Mercedes som sjönk utanför Portugal 1804. Vraket gav upphov till ett viktigt rättsfall mellan den spanska regeringen och skattjaktföretaget Odyssy Marine Exploration, vilket resulterade i att plundrade föremål till ett värde av omkring 500 miljoner dollar återlämnades till Spanien, inklusive en mängd traditionella spanska mynt som visas på museet.
