Muzejs tika uzcelts laikā no 1933. līdz 1939. gadam, lai tajā izvietotu divus milzu kuģus, kas piederēja imperatoram Kaligulai (37-41 pēc mūsu ēras) un tika atrasti ezera ūdeņos laikā no 1929. līdz 1931. gadam. Tāpēc tas bija pirmais muzejs Itālijā, kas tika uzbūvēts tā saturam - diviem korpusiem, kuru izmēri bija attiecīgi 71,30 x 20 m un 73 x 24 m, kas diemžēl tika iznīcināti 1944. gada ugunsgrēkā. Muzeju atkal atvēra 1953. gadā, bet 1962. gadā to atkal slēdza un beidzot atkal atvēra 1988. gadā.
Jaunajā plānojumā kreisais spārns ir veltīts kuģiem, no kuriem eksponēti daži materiāli, piemēram, jumta rekonstrukcija ar bronzas dakstiņiem, divi enkuri, priekšgala rata uzlikas, dažas oriģinālas vai rekonstruētas kuģa iekārtas (norija, virzuļsūknis, bloks, platforma uz lodīšu gultņiem). Izstādē apskatāmi arī divi 1:5 mēroga kuģu modeļi un pirmā kuģa pakaļgala apostikla rekonstrukcija pilnā mērogā, uz kura novietotas bronzas kastu kopijas ar ferīnu protomām.
Savukārt labais spārns ir veltīts Albānijas teritorijas apdzīvotībai republikāniskajā un imperatora laikmetā, īpašu uzmanību pievēršot kulta vietām; šeit eksponēti votu materiāli no Velletri (S. Clemente), Kampoverdes (Latina), Dženzano (Pantanacci stiga) un Diānas svētnīcas Nemi, kā arī materiāli no Ruspoli kolekcijas. Šajā spārnā var aplūkot arī muzealizētu romiešu bruģakmens daļu no clivus Virbii, kas veda no Ariccia uz Diānas svētnīcu.
