Neptunhulernes historie går helt tilbage til forhistorisk tid. Forskellige spor fra den neolitiske periode, der er fundet i dem, tyder på, at der er gået omkring 2.000.000 år siden deres dannelse. Det er næsten sikkert, at de primitive mennesker kendte dem og brugte dem efter deres egne behov.Neptunhulerne er ikke kun de mest berømte, men også de største. De strækker sig over ca. 4 km, men af sikkerhedshensyn har turister kun adgang til en del af dem. Ud over at være et vigtigt turistmål og byde besøgende fra hele verden velkommen, er Neptunhulerne også et populært rejsemål for speleologer, som er de eneste, der kan besøge deres mest hemmelige fordybninger.