Nijo pils tika uzcelta 1603. gadā kā Tokugawa Ieyasu Kioto rezidence, pirmā Edo perioda shogun (1603-1867). Viņa mazdēls Iemitsu pabeidza pils pils ēkas 23 gadus vēlāk un vēl vairāk paplašināja pili, pievienojot piecu stāvu pili.
Pēc tam, kad Tokugawa Shogunate krita 1867. gadā, Nijo pils kādu laiku tika izmantota kā imperatora pils, pirms tā tika ziedota pilsētai un atvērta sabiedrībai kā vēsturiska vieta. Tās pils ēkas neapšaubāmi ir labākie izdzīvojušie Japānas feodālā laikmeta pils pils arhitektūras piemēri, un 1994. gadā pils tika izraudzīta par UNESCO Pasaules mantojuma vietu.
