Ninaji është një nga tempujt më të mëdhenj në Kioto që janë renditur si Vende Të Trashëgimisë Botërore. Është tempulli kryesor i Shkollës Omuro të sektit Shingon të Budizmit dhe u themelua në 888 nga perandori në pushtet. Gjatë shumë shekujve, një anëtar i Familjes Perandorake shërbente si kryeprifti I Ninajit dhe tempulli njihej gjithashtu si Pallati Perandorak Omuro.
Për shkak të shumë luftrave dhe zjarreve që rrënuan Kioton gjatë gjithë historisë së saj, asnjë nga ndërtesat nga themeli i tempullit në shekullin e 9-të nuk mbijetoi ende. Ndërtesat më të vjetra datojnë që nga fillimi i Periudhës Së Edo-së në krye të 1600, duke përfshirë hollin kryesor (Kondo), Sallën e Kanonit, portën e frontit Të Niomonit, portën e brendshme Të Kumonit dhe pesë faltoren e treguar.