Ninnaji är ett av de många stora templen i Kyoto som är listade som världsarv. Det är huvudtemplet i Omuro-skolan i Shingon - sekten av buddhismen och grundades 888 av den regerande kejsaren. Under många århundraden brukade en medlem av den kejserliga familjen tjäna som Ninnajis huvudpräst, och templet var också känt som Omuro Imperial Palace.
På grund av de många krig och bränder som härjade Kyoto under hela sin historia, ingen av byggnaderna från templets stiftelse i den 9: e århundradet fortfarande överleva. De äldsta byggnaderna går tillbaka till början av Edo-perioden i början av 1600-talet, inklusive huvudhallen (Kondo), Kannon Hall, niomon front gate, chumon inner gate och five storied pagoda.