Ninnaji é unha das moitas grandes templos en Kioto, que están listados como Patrimonio Mundial. El é o xefe templo do Omuro Escola de Shingon seita do Budismo e foi fundada en 888 polo reinando o emperador. Ao longo de moitos séculos, un membro da Familia Imperial usado para servir como Ninnaji cabeza de sacerdote, e o templo foi tamén coñecido como Omuro Palacio Imperial.
Debido ás moitas guerras e os incendios que asolou a Kioto, ao longo da súa historia, ningún dos edificios do templo fundación no século 9 aínda sobrevivir. Os edificios máis antigos data de volta para o inicio do Período Edo, a principios de 1600, incluíndo o salón principal (Kondo), o Kannon Hall, o Niomon porta de diante, o Chumon interior porta e cinco pisos pagode.