Ninnaji er en af de mange store templer i Kyoto, som er opført som Worldorld Heritage sites. Det er hovedtemplet for Omuro-skolen i Shingon-sekten af buddhismen og blev grundlagt i 888 af den regerende kejser. Gennem mange århundreder, et medlem af den kejserlige familie plejede at tjene som ninnajis hovedpræst, og templet blev også kendt som Omuro Imperial Palace.
På grund af de mange krige og brande, der hærgede Kyoto gennem sin historie, overlever ingen af bygningerne fra templets fundament i det 9.århundrede stadig. De ældste bygninger dateres tilbage til begyndelsen af Edo-perioden i begyndelsen af 1600-tallet, herunder main hall (Kondo), Kannon Hall, Niomon front gate, Chumon inner gate og fem etagers pagode.
