Ninnaji iku salah siji saka akeh gedhe candhi-candhi ing Kyoto kang didhaptar minangka Situs Warisan Donya. Iku ing sirah candhi saka Omuro Sekolah saka Shingon sekte Buddha lan didegaké ing 888 dening kaisar munggah tahta. Liwat akeh abad, anggota Kulawarga Imperial digunakake kanggo ngawula minangka Ninnaji sirah imam, lan candhi iki uga dikenal minangka Omuro Imperial Palace.
Amarga akeh wars lan fires sing ravaged Kyoto saindhenging sajarah sawijining, ora ana bangunan saka padaleman suci kang madegé ing abad kaping-9 isih urip. Bangunan paling tuwa tanggal bali menyang awal zaman Edo ing awal 1600s, kalebu utama hall (Kondo), ing Kannon Hall, Niomon ngarep gerbang, Chumon utama gapura lan limang storied pagoda.
