Ninnaji je jedním z mnoha velkých chrámů v Kjótu, které jsou uvedeny jako místa světového dědictví. Je hlavním chrámem školy Omuro buddhistické sekty Shingon a byl založen v roce 888 vládnoucím císařem. Po mnoho staletí sloužil člen císařské rodiny jako hlavní kněz Ninnaji a chrám byl také známý jako Císařský palác Omuro.
Kvůli mnoha válkám a požárům, které zpustošily Kjóto v celé jeho historii, žádná z budov z chrámového základu v 9.století stále nepřežila. Nejstarší stavby se datují do začátku Období Edo v časném 1600s, včetně hlavního sálu (Kondo), Cannon Hall, Niomon před bránu, Chumon vnitřní bráně a pět proslavený pagoda.
