Ninnaji on üks paljudest suurtest templitest Kyotos, mis on loetletud maailmapärandi nimistusse. See on budismi shingoni sekti Omuro kooli pea tempel ja asutati 888. aastal valitseva keisri poolt. Paljude sajandite jooksul teenis keiserliku perekonna liige ninnaji pea preestrina ja tempel oli tuntud ka kui Omuro Imperial Palace.
Paljude sõdade ja tulekahjude tõttu, mis hävitasid Kyoto kogu oma ajaloo jooksul, ei jää ükski 9. sajandil templi vundamendist pärinevatest hoonetest endiselt ellu. Vanimad ehitised pärinevad Edo perioodi algusest 1600. aastate alguses, sealhulgas peasaal (Kondo), Kannon Hall, Niomoni eesvärav, Chumoni sisemine värav ja viie korruseline pagood.
