O museu único é dedicado aos 6.000 anos de história do pão como uma base indispensável da cultura e civilização humana. Deve a sua criação e crescimento ao compromisso pessoal de décadas de Willy Eiselen (1896-1981) e do seu filho Hermann Eiselen (nascido em 1926). Ambos se dedicavam ao fabrico e venda de ingredientes para panificação e estavam entre os principais fornecedores do comércio da padaria.
Os dois empresários fundaram o museu como Museu do Pão Alemão em 1955, como uma associação. A primeira exposição permanente remonta a 1960. Foi a primeira e durante muitos anos o único museu do seu género no mundo. Foi uma instituição estritamente privada, financiada pelos fundadores. Em 1991 o financiamento do museu foi assumido pela Fundação Eiselen, uma instituição de caridade independente; ao mesmo tempo, o museu mudou-se para o Salzstadel, um armazém histórico no centro de Ulm.
Aqui o museu floresceu, e em 2004 acolheu o seu milionésimo visitante.
