Secondo la leggenda, il nome deriva da un ceppo miracolosamente fiorito durante l'inverno, che secondo le indicazioni date da un'apparizione della Madonna, avrebbe mostrato il luogo in cui fondare l'ospedale ai pii coniugi Antimo e Bendinella. In alternativa si è pensato ad una derivazione del nome dal "ceppo" di castagno cavo utilizzato per la raccolta delle offerte. L’Ospedale del Ceppo divenne l’ente ospedaliero principale della città durante l’epidemia di peste nera che colpì Pistoia nel 1348, e grazie ai vari lasciti ,che i ricoverati donavano con i loro testamento all’ Ospedale , ci si ritrovò al termine dell’epidemia con un vasto patrimonio immobiliare, e si iniziò a ampliare questo ospedale, iniziando a costruirlo letteralmente sopra il fiume Brana che vi scorreva sotto, creando delle specie di gallerie con il soffitto a campana, che fungevano da “basamento” per l’ ospedale stesso. Queste gallerie è possibile vistarle ora grazie a Pistoia Sotterranea, che vi accompagnerà insieme a una guida esperta, lungo tutto questo percorso che si snoda per circa 650 metri sotto all’Ospedale. Davvero interessanti da visitare all'interno dell'Ospedale sono però le Sale storiche dell’Ospedale che testimoniano la grande tradizione medica della città: l’Anfiteatro Anatomico più piccolo del mondo, perfettamente conservato. Esso veniva usato come sala di apprendimento, in cui il dottore professore, vivisezionava i cadaveri, davanti agli studenti seduti nelle apposite panchine circolari. E’ considerato il più piccolo, perché i posti presenti sono solo 10. Si può visitare anche la Sala dell’Accademia Medica “Filippo Pacini” in cui è conservata una ragguardevole collezione di strumenti chirurgici del XVIII e XIX secolo.