Ifølge legenden blev den legendariske by brændt ned af Genghis-khan for sin arrogance og uvillighed til at adlyde. I middelalderen var det den handel og religiøse hovedstad i enorme Otrar oase, der strakte sig i 2.500 kvadratkilometer i den store frugtbare dal, hvor floderne Arysi og Syr Darya møder hinanden.
Otrar er vidne til Kasakhstans velstand under en epoke af Silkevejen. Det forblev et stort handelscenter indtil middelalderens epoke. Otrar var kendt for sin egen mynte, storslåede orientalske bade med deres originale varmesystem, et stort bibliotek, der kunne sammenlignes med de mest kendte biblioteker i antikken. Det er den oprindelige by af den berømte middelalderlige tænker Al-Farabi.
I slutningen af det 13. århundrede under mongolsk invasion blev byen ødelagt. Men ruinerne tårner stadig over steppen som en stor høj. Gaderne og husruinerne gravet af arkæologer viser turisterne, hvor travlt bylivet var. Over hundrede små bosættelser med resterne af militære fæstninger blev bygget der.
