Secondo la leggenda, la leggendaria città fu incendiata da Gengis-khan per la sua arroganza e la sua riluttanza ad obbedire. Nel Medioevo era la capitale commerciale e religiosa dell'enorme oasi di Otrar, che si estendeva per 2.500 chilometri quadrati nella grande valle fertile dove si incontrano i fiumi Arysi e Syr Darya.
Otrar è testimone della prosperità del Kazakistan in un'epoca della Via della seta. Rimase un importante centro commerciale fino al Medioevo. Otrar era nota per la sua menta, i magnifici bagni orientali con il loro originale sistema di riscaldamento, un'enorme biblioteca che era paragonabile alle più note biblioteche dell'antichità. È la città natale del famoso pensatore medievale Al-Farabi.
Alla fine del XIII secolo, durante l'invasione mongola, la città fu distrutta. Tuttavia, le sue rovine svettano ancora sulla steppa come un enorme tumulo. Le strade e le rovine delle case scavate dagli archeologi mostrano ai turisti quanto fosse intensa la vita della città. Vi furono costruiti più di cento piccoli insediamenti con i resti di fortezze militari.